OpenMX能带打开仿真

在OpenMX当中,可以将晶胞的多条近似重叠的能带打开成原胞仿真结果。构建大一些的晶胞可以方便我们对体系进行赝原子轨道分解,还可以仿真缺陷和掺杂的情况。 先上一个石墨烯的原胞版的能带打开范例。在这个范例当中,由于使用的是原胞,所以仿真结果和晶胞一致,即使不设置参考晶格矢量。 文件名为Graphen_C_Primitive.dat 仿真结果文件有unfold_orbup,这里面第一列是k点,第二列是 ... 阅读更多

openmx仿真金刚石和石墨烯

1.代码 金刚石 石墨烯 在终端下输入 计算完成后得到一大堆Graphite_STM开头的文件 其中就有一个Band文件,这个里面就有能带啦 终端显示 实际文件夹下多了两个文件,一个是.GNUBAND文件,另一个是数据.BANDDAT1文件 接下来就可以用gnuplot画出能带图 2.能带图解算过程 2.1矩形原胞 对应的能带图 2.2平行四边形原胞 对应的能带图 2.3经坐标调整之后的能带 对应 ... 阅读更多

用第一性原理研究磷原子在石墨烯表面的吸附

石墨烯的结构 首先,我们需要在openmx中模拟出石墨烯的结构。详见之前的博文 openmx仿真金刚石和石墨烯 用作气体吸附的模型,我们不仅仅需要原胞,更需要更加灵活的晶胞设置。引用上文中的一幅插图 我们在本文中使用上面图片中石墨烯的原胞,表面上有32个原子,实际上经过我的核算有20个原子的原胞。 原本的原胞有如下 原子位于原点两侧。 把原胞扩展到32个的Graphene_8.dat, 它所对应的 ... 阅读更多

openmx的非平衡格林函数(negf)范例修改:NEGF-8ZGNR-0.3.dat

在OpenMX当中有一个NEGF范例,它得出的transmission图是沿0轴对称的,事实上却是应该是这样的。而我做出的却并不是。所以需要在原来的文件上修改,以逐步达成需要。 先来看左电极: 中间标红的一块区域为Central区域,左边有四个氢,右边也有四个氢。 由这个图出发,可以将现有的左右电极都化作中心,将现有的左右电极都复制分别向外侧移动,形成新的研究结构。为此需要确定坐标的轴与原子的实际 ... 阅读更多

openmx的makefile

################################################################### # # # Please set a proper CC and LIB for the compilation. # # Examples of CC and LIB on several platforms are shown below. # # # ### ... 阅读更多

哈密顿量在OpenMX中的构建

一、哈密顿量的声明 哈密顿量是密度泛函理论在算法实现中的核心。哈密顿量的构建在大多数教材中并没有详细描述。哈密顿量的构建过程与我最初的想法不同,更类似图论的意思。 看上面对H矩阵的声明,上面的这些声明都在文件openmx_common.h当中。H矩阵是一个五维的矩阵,从它各个指标的名称上,我们可以大致推断出这些维度指的具体内容。 第一层SpinP_switch与自旋轨道耦合有关。在OpenMX 3 ... 阅读更多

openmx源码分析:openmx主文件

在openmx/source里的最重要的文件openmx.c。 下面简要罗列源码的思路: 1.定义CPU计算核数、MD计算迭代次数、统计时间用的一些临时变量。接下来进行MPI初始化,为并行计算做准备,openmx3.8版本只有并行版本。接着统计时间准备,便于监视计算耗时。最后检查输入变量。 2.确定openmx并行化使用的线程数,使用MPI_Bcast函数将来源于序列号为Host_ID的进程的消息 ... 阅读更多