OpenM金电极，NEGF-8ZGNR-0.3.dat修改
左电极 右电极 中心文件
OpenMX
OpenMX能带打开仿真
在OpenMX当中，可以将晶胞的多条近似重叠的能带打开成原胞仿真结果。构建大一些的晶胞可以方便我们对体系进行赝原子轨道分解，还可以仿真缺陷和掺杂的情况。 先上一个石墨烯的原胞版的能带打开范例。在这个范例当中，由于使用的是原胞，所以仿真结果和晶胞一致，即使不设置参考晶格矢量。 文件名为Graphen_C_Primitive.dat 仿真结果文件有unfold_orbup，这里面第一列是k点，第二列是 … 阅读更多
openmx仿真金刚石和石墨烯
1.代码 金刚石 石墨烯 在终端下输入 计算完成后得到一大堆Graphite_STM开头的文件 其中就有一个Band文件，这个里面就有能带啦 终端显示 实际文件夹下多了两个文件，一个是.GNUBAND文件，另一个是数据.BANDDAT1文件 接下来就可以用gnuplot画出能带图 2.能带图解算过程 2.1矩形原胞 对应的能带图 2.2平行四边形原胞 对应的能带图 2.3经坐标调整之后的能带 对应 … 阅读更多
用第一性原理研究磷原子在石墨烯表面的吸附
石墨烯的结构 首先，我们需要在openmx中模拟出石墨烯的结构。详见之前的博文 openmx仿真金刚石和石墨烯 用作气体吸附的模型，我们不仅仅需要原胞，更需要更加灵活的晶胞设置。引用上文中的一幅插图 我们在本文中使用上面图片中石墨烯的原胞，表面上有32个原子，实际上经过我的核算有20个原子的原胞。 原本的原胞有如下 原子位于原点两侧。 把原胞扩展到32个的Graphene_8.dat， 它所对应的 … 阅读更多
openmx的非平衡格林函数（negf）范例修改：NEGF-8ZGNR-0.3.dat
在OpenMX当中有一个NEGF范例，它得出的transmission图是沿0轴对称的，事实上却是应该是这样的。而我做出的却并不是。所以需要在原来的文件上修改，以逐步达成需要。 先来看左电极： 中间标红的一块区域为Central区域，左边有四个氢，右边也有四个氢。 由这个图出发，可以将现有的左右电极都化作中心，将现有的左右电极都复制分别向外侧移动，形成新的研究结构。为此需要确定坐标的轴与原子的实际 … 阅读更多
openmx的makefile
################################################################### # # # Please set a proper CC and LIB for the compilation. # # Examples of CC and LIB on several platforms are shown below. # # # ### … 阅读更多
哈密顿量在OpenMX中的构建
一、哈密顿量的声明 哈密顿量是密度泛函理论在算法实现中的核心。哈密顿量的构建在大多数教材中并没有详细描述。哈密顿量的构建过程与我最初的想法不同，更类似图论的意思。 看上面对H矩阵的声明，上面的这些声明都在文件openmx_common.h当中。H矩阵是一个五维的矩阵，从它各个指标的名称上，我们可以大致推断出这些维度指的具体内容。 第一层SpinP_switch与自旋轨道耦合有关。在OpenMX 3 … 阅读更多
openmx源码分析：openmx主文件
在openmx/source里的最重要的文件openmx.c。 下面简要罗列源码的思路： 1.定义CPU计算核数、MD计算迭代次数、统计时间用的一些临时变量。接下来进行MPI初始化，为并行计算做准备，openmx3.8版本只有并行版本。接着统计时间准备，便于监视计算耗时。最后检查输入变量。 2.确定openmx并行化使用的线程数，使用MPI_Bcast函数将来源于序列号为Host_ID的进程的消息 … 阅读更多